Schon 1485 wird ein von einer Markdorfer Bürgerin gestiftetes Kloster in dem zur Vogtei Markdorf gehörigen Dorf Bergheim erwähnt, in dem wenige Drittordensschwestern nach den franziskanischen Regeln lebten. 1684 wurde den Klosterfrauen erlaubt, die Reform der Kapuziner anzunehmen. Sie beschlossen, das Kloster nach Markdorf zu verlegen. 1689 wurde nördlich der ummauerten Stadt in der heutigen Spitalstraße mit dem Bau von Kloster und Kirche begonnen, 1692 konnten die 13 Schwestern nach Markdorf übersiedeln.

Die Klosterkirche „St. Peter und Paul“ wirkt vor allem durch ihre noch ursprüngliche barocke Ausstattung.  Auf dem Altartisch des linken Seitenaltars steht ein Reliqienschrein mit den Gebeinen der „Heiligen Martina“, die 1754 aus den römischen Katakomben geborgen wurden. An der linken Schiffwand ist die Abbildung des Turiner Grabtuchs in einem barocken Goldrahmen zu sehen.

Im Rahmen der Säkularisierung wurde das Kloster 1808 aufgehoben. 1835 wurde es von der Stadt Markdorf erworben und als Spital und Altersheim genutzt. 2002 wurde das Markdorfer Krankenhaus geschlossen. Heute sind in dem Gebäude die Verwaltung der „Sozialstation e.V. Markdorf“ sowie für demenziell erkrankte Menschen die Tagesbetreuung „Sonnenblume“ und die Wohngemeinschaft „Altes Kloster“ untergebracht.